仙剑奇侠传5故事设定在1983年，一系列日益暴力的银行抢劫、伪造假币和运钞车抢劫案让整个太平洋西北地区的社区陷入恐惧，百思不得其解的执法人员争先恐后地寻找答案。一名驻扎在爱达荷州宁静、风景如画的小镇科达伦的联邦调查局特工，开始相信这些罪行不是传统的、以金钱为动机的犯罪分子干的，而是一群危险的恐怖分子所为，他们受到一个激进、魅力十足的领导人霍尔特的鼓舞，策划了一场针对美国政府的毁灭性战争。在联邦调查局等机构的联手努力下，大家成功阻止了恐怖分子的计划，保卫了国家和人民的安全。